Πολλά από τα ευρήματα των ανασκαφών δεν αποτελούν ανθρώπινα δημιουργήματα αλλά είναι φυσικής/βιολογικής προέλευσης (βιοαρχαιολογικά κατάλοιπα): οστά, όστρεα, σπόροι, άνθρακες κ.α. Μέσω της μελέτης τέτοιων καταλοίπων κατανοούμε αφενός πώς ήταν το φυσικό περιβάλλον μέσα στο οποίο αναπτύχθηκαν οι προϊστορικές κοινότητες και τυχόν εναλλαγές της βλάστησης, των πανίδων και του κλίματος στη διάρκεια των υπό εξέταση περιόδων. Αφετέρου, τα κατάλοιπα αυτά εξυπηρετούν την ανάγνωση των γεωργοκτηνοτροφικών πρακτικών και την ανασύνθεση της διατροφής των προϊστορικών κοινοτήτων. Μέσα από τις δημοσιευμένες περιβαλλοντικές μελέτες θέσεων από το προϊστορικό Αιγαίο θα επιχειρηθεί η κατανόηση του παλαιοπεριβάλλοντος μέσα στο οποίο αναπτύχθηκαν οι προϊστορικές κοινότητες καθώς και η ανίχνευση των οικονομικών-διατροφικών συνηθειών των κοινωνιών αυτών. Προκειμένου οι φοιτητές να κατανοήσουν καλύτερα τις περιπτώσεις θέσεων που θα αναλυθούν, θα παρουσιαστούν οι βασικές αρχές και τα μεθοδολογικά εργαλεία της ζωοαρχαιολογίας και της αρχαιοβοτανικής.